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Slurm解除作业内存限制方法

MetMan博主

2023-10-24

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10/24

本文最后更新于 2023年10月24日，已超过 331天没有更新。如果文章内容或图片资源失效，请留言反馈，我会及时处理，谢谢！

问题

有一个串行作业通过Slurm提交到计算节点计算，程序需要的内存量虽然没有超过计算节点的物理内存，但因为Slurm对作业分配的单个CPU核的内存进行了限制，导致程序进程因out-of-memory(OOM)被Slurm强制杀掉。

我们通过以下程序来复现问题。该程序申请了一个1024*1024*1024*8字节大小（8GB）的双精度buffer数组，加上其它一些量的内存需求，该程序实际上需要>8GB的内存空间。

program main
  implicit none
  integer,parameter :: NX = 1024
  real*8,allocatable,dimension(:,:,:) :: buffer
  integer :: i,j,k

  allocate(buffer(NX,NX,NX))
  buffer = 1.0d0
  buffer = buffer + sqrt(buffer+3.0)
  print*, buffer(1,1,1)
  deallocate(buffer)
end

运行对应的Slurm作业脚本如下

#!/usr/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH --comment test
#SBATCH -p serial
#SBATCH -o ./log.out
#SBATCH -e ./log.err

ulimit -s unlimited

./a.out

sbatch job.sbatch 提交作业运行，会报以下错误信息：

/opt/gridview/slurm/spool_slurmd/job211575/slurm_script: line 13: 1529967 Killed                  ./a.out
slurmstepd: error: Detected 1 oom-kill event(s) in StepId=211575.batch cgroup. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.

从报错信息可以看出是由于作业请求内存超过了Slurm资源限制（out-of-memory），因此被Slurm杀掉。

那么如何查询节点的Slurm内存资源配置信息呢?

查询Slurm内存配置方法

查询计算节点物理内存大小

$ sinfo -N -o "%.12n %.10P %.4c %.10m"

查询节点已使用内存大小及限制

$ scontrol -o show nodes|awk '{print $1, $23, $24, $35, $39}'

其中$23 $24 $35 $39与机器操作系统架构显示名称有关系（因为架构信息是空格分隔，不同架构导致awk用空格分隔的列数不同）

输出信息示例：

NodeName=xxxxx RealMemory=513330 AllocMem=7800 Partitions=serial AllocTRES=cpu=1,mem=7800M

其中RealMemory是节点实际内存量，AllocMem是分配的内存量。AllocTRES是分配的可追踪资源，1个CPU核的内存大小为7800MB。

可以看出对于串行队列作业，每个CPU核默认分配7800MB，少于以上测试程序需要的内存量，这解释了测试程序为何会因内存不够被Slurm杀掉。

解决方法

使用--mem或者--mem-per-cpu指定请求的内存量，区别在于前者请求每个节点（Node）的内存量，而后者请求的是每个CPU的内存量。

对于串行作业，使用--mem-per-cpu更加合适，以下作业脚本申请了9GB的内存，程序成功运行。

#!/usr/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH --comment test
#SBATCH -p serial
#SBATCH --mem-per-cpu=9G  #请求单核分配9GB内存空间
#SBATCH -o ./log.out
#SBATCH -e ./log.err

ulimit -s unlimited

./a.out