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MPI4PY实现探究

MPI4PY实现探究

前言MPI C/Fortran P2P通信一般需要指定<数据首地址,数据类型，数据数目>三元组信息，根据三元组信息可以通信一段连续内存数据（MPI派生类型允许内存不连续数据一次通信完成，但底层实现仍然要求发送内存连续数据）。mpi4py是MPI的Python绑定。如果你对Python标准实现Cpython有了解的话，Python对象都不是一个简单的“裸”数据，Python对象在Cpython实现中一般是一个C结构体，比如Python列表对象如下所示：typedef struct { PyObject_VAR_HEAD /* Vector of pointers to list elements. list[0] is ob_item[0], etc. */ PyObject **ob_item; /* ob_item contains space for 'allocated' elements. The number * currently in use is ob_size. * Invariants: ...

2024年11月03日

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MPI程序调试小技巧

MPI程序调试小技巧

MPI并行程序调试除了使用专业的并行调试器（Totalview、DDT）外，可能还是print大法用的多。对于MPI程序调试，我们通常需要知道输出的信息来自哪个进程，一般会在输出语句中加上进程号信息。write(0,*) "Task from ",pid,":debug info ..."但这需要引入表示进程号的变量（通常这会引入其它模块变量），如果输出的诊断信息太多每个都加变量也很麻烦。如果希望自动输出进程号信息，可以尝试每个MPI实现附带的功能。Intel MPI/MVAPICH2/MPICHIntel MPI/MVAPICH2/MPICH三种MPI实现的mpirun都提供一个选项-prepend-rank能够实现在输出信息前自动添加进程号，在标准输出/错误每一行前面添加MPI rank进程号。输出示例：[6] Hello from rank 6, on cmac0483. (core affinity = 38) [13] Hello from rank 13, on cmac0483. (core affinity = 45) [3...

2024年05月27日

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Intel MPI运行时错误信息诊断

Intel MPI运行时错误信息诊断

笔者开发模式主要使用“Intel Fortran Compiler + Intel MPI”组合，在开发过程中经常遇到程序运行出错情况，如果了解Intel MPI输出的运行时错误信息，这对快速定位出错原因很有帮助。下面总结几种主要遇到的错误信息，内容主要来自于Intel官网Intel MPI Troubleshooting。Bad File Descriptor错误信息运行报错信息类似于（关键词Bad file descriptor）[mpiexec@node00] HYD_sock_write (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/sock/hydra_sock_intel.c:353): write error (Bad file descriptor) [mpiexec@node00] cmd_bcast_root (../../../../../src/pm/i_hydra/mpiexec/mpiexec.c:147): error sending cwd cmd to proxy [mpiexec@node00] stdin_c...

2023年11月18日

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MPI是一个库

MPI是一个库

MPI是消息通信标准，其实现是一个第三方库（library），但我们用比如Intel MPI的mpiifort命令编译链接源代码，这给人一种错觉就是MPI是一门编程语言，mpiifort是一个编译器。下面我们通过对mpiifort深入分析来说明MPI实际上是一个第三库的事实。mpiifort是shell脚本Intel MPI的编译链接命令mpiifort实际上是一个封装的shell脚本，用于封装查找mpi头文件/模块文件和链接相应库文件细节。$ file `which mpiifort` /opt/compiler/intel/2018_update1/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/mpiifort: POSIX shell script, ASCII text executable打开这个shell脚本阅读脚本代码，脚本前面主要是环境变量、命令行参数处理部分，其最后核心部分是编译、链接处理，具体如下：if [ "$linking" = yes ] ; then cmd...

2023年11月13日

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MPI版本混用问题诊断

MPI版本混用问题诊断

MPI作为消息通信工业标准，在高性能计算中被广泛使用。MPI标准定义了库函数语法、语义，开发商根据标准开发实现具体的MPI软件版本，比如常见的MPICH、OpenMPI、Intel MPI、MVAPICH等。为了满足不同的需求，HPC计算平台一般会安装多个MPI实现版本，如果用户开发环境设置混乱，可能会导致MPI版本混用情况，从而引发意想不到的错误，包括编译时和运行时错误。比如笔者遇到如下情况：依赖库使用一种MPI实现编译，模式使用另一种MPI实现编译链接，在运行时出现很奇怪的错误，这种错误有时候不容易联想到是MPI混用导致的。下面总结MPI混用引起的编译时和运行时错误。代码示例示例项目有两个源代码文件：sum.f90和main.f90，其中主程序main(main.f90)依赖模块mod_sum(sum.f90)。!sum.f90 module mod_sum use mpi implicit none contains subroutine sum_global() implicit none integer :: id,total,ierr ...

2023年11月11日

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2024-09-27

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toibdpojay打酱油
2024-09-22

博主真是太厉害了！！！
yvctxyevvw打酱油
2024-09-22

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2024-09-22

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